龚慈恩生于1963年9月17日，父母都是基督教徒，她的名字取自基督教教义中慈悲恩典的含义。龚慈恩的父亲是会计师，母亲在电视台做幕后工作，她是家中独生女，从小就喜爱歌舞。
中学毕业后，龚慈恩在一家琴行当了一名钢琴教师。恰好香港电台电视部的一个少儿节目《香蕉船》招考主持人，龚慈恩的老板力荐她参选，一举中标，龚慈恩由此踏入娱乐圈。
1984年，龚慈恩报考无线第一期艺员进修班，成为旗下艺员。
从《雪山飞狐》深情不悔的“程灵素”，到《雪花神剑》里惹人怜的“聂小凤”，在20世纪90年代龚慈恩是一代人的梦中情人；
1991年，参演中国台湾电视剧《雪山飞狐》，一人分饰程灵素和冰雪儿两个角色。
1995年，赴马来西亚拍剧，主演《蒲公英》、《最爱是谁》和《豪门劫》等电视剧。
1997年，参演亚洲电视的武侠剧《雪花神剑》，饰演女主角聂小凤。
2012年，加盟王维基的香港电视HKTV。
