的确梅不像一些去台湾的科学家一样，担任过党军政的要职，或者坚持过“反共”立场，相反他担任校长期间，抗逆政治对学术的强暴，保护过游行的学生。
不过梅贻琦终于在一年之后去了台湾，沉默而坚持的梅贻琦为什么一再远离新政权呢？
或许从他在1945年的日记中可以推想，他写道，“余对政治无深研究，与共产主义亦无大认识，但颇怀疑”，这个“怀疑”代表了相当一部分自由主义知识分子对于时局和中共的看法。
出身清华的林从敏也在谈到梅贻琦出走一案时说，“事实上梅师决不可能留下，更不可能主掌清华，梅师一生尊重学术自由，不干涉教授与同学个人的政治思想”。
没有人确切地知道梅贻琦的想法，但是对于学术自由的尊崇思想文化理念的不一致，的确是一些科学工作者们无奈背井离乡，远赴台湾的重要原因。
几年后梅贻琦用那笔庚款基金在台湾新竹建起了清华原子科学研究所，进而创办了新竹清华大学，而在大陆的清华教授们教书育人的同时开始了站队与“洗澡”。
