1996年，齐秦出版了他的第16张专辑《丝路》。并首都改变造型，将蓄留多年的长发剪短30公分，这是不是意味着，他和王祖贤的爱情要从头开始呢？果真，不久之后他们高调复合！暂别银屏多年的王祖贤首度复出为齐秦拍摄《悬崖》的音乐录影带，顿时在全社会引起了轰动话题！
两年之后，齐秦出版专辑《我拿什么爱你》，与王祖贤主演的电影同年同月同日发片，并首次联袂举办新闻发布会，各地媒体二百多名，场面相当浩大。沉寂三年的王祖贤，再度面对媒体说：“我的做事态度是不管对错，我都尝试。错了，我承认。有三年没有公开露面，这段时间感谢男朋友齐秦……”一句话还没说完，已经哭成个泪人了。齐秦也宣布：爱王祖贤不只这一生，而是三辈子！
2000年，齐秦和王祖贤一同拜访西藏活佛，并表示两人将在当年晚一些的时间，在西藏拉萨举行藏族式的婚礼。他们开始为婚礼做各种准备，还在洛杉矶和台湾各买了一套婚房，双方父母也都以亲家相称，他们幸福的接受来自各方的祝福。
然而，出乎意料的是，一颗原子弹投向他们——那就是：齐秦有个私生子！
2001年8月，齐秦的前女友方美芳以儿子方伟的名义将齐秦告上法庭，并索要抚养费1500万元台币。顿时间，人们奔走相告，齐秦有个私生子！
齐秦在王祖贤之前认识方美芳，但因逐渐成名，两人之间的距离越来越远而导致分手，1987年儿子方伟出生，多年来，齐秦一直暗地照顾他们母子。但媒体传出齐秦将与王祖贤结婚的消息时，方美芳积压多年的怨恨爆发了！
虽然王祖贤能体谅齐秦的苦处，但是官司折腾起来，两人早已经没有结婚的心思了。2001年10月2日，王祖贤在电影《游园惊梦》的发布会上，在齐秦也毫不知情的情况下，宣布退出演艺圈，远赴国外留学。2003年3月21日，齐秦在北京首都体育馆举办春分演唱会，尾声时大屏幕上放出了王祖贤在加拿大拍摄的问候视频。从此，他们再也没有在一起。
