同居后，两人因性格差异极大，经常发生争吵。每当发生口角时，他总要拿出文房四宝，送到她的卧室内，要她“消消火气”，自己赶紧避开。待吴君如恢复平静后，陈可辛这才敲门认错。经半年多的磨合，陈可辛多次向吴君如提出去办理结婚登记手续，她却认为这不够浪漫。
2005年6月，她意外地发现自己怀孕了。8月陈可辛带着吴君如飞抵上海宣传《如果·爱》，而陈可辛却在采访中否认了这一消息。回到香港后吴君如大发雷霆，陈可辛才意识到自己口无遮拦闯下大祸，赶紧向她赔礼。此后吴君如常挺大肚与陈可辛一同亮相。
2006年4月10日，陈可辛与吴君如有了爱情的结晶——女儿陈是知呱呱坠地。待女儿满月后，他赴北京和上海等地导演古装战争片《投名状》。2007年12月15日，《投名状》首映典礼在北京奥林匹克体育馆举行，陈可辛挽着吴君如进入会场，向世人表明这段长达10年的爱情长跑。
陈可辛和吴君如没有登记结婚，却生下一个女儿，并非追求新潮的生活方式，而是彼此早在内心深处确信会与对方保持一个非常长久的关系。吴君如则说，有些人结婚是为了维系感情，而她与陈可辛之所以不急着结婚，是因为非常相信感情。
生女后的吴君如和大多数女星母亲一样，相夫教子之余偶尔外出拍戏，但吴君如却俨然是一个严母的角色，曾被媒体拍到街头训爱女的情景，陈是知还很大声地哭着喊：“我不敢啦，妈咪不要。”
女儿陈是知如今已经7岁了，不过吴君如依然喜欢把爱女挂在嘴边。还透露自己的电影减产，正是因为女儿不开心了。而女儿自小也承袭了妈妈的衣着品味，对粉色尤其情有独钟。都说女儿是妈妈的贴心小棉袄，陈可辛为了“争宠”，常常送女儿礼物来搏千金一笑。
吴君如口中的陈可辛尽是优点：幽默感、最童真、有智慧、有才华、人品好、不烟不酒；而他的缺点，她却统统包容。陈可辛说，吴君如既是他找了半辈子才找到的女人，也是他的好兄弟，在他失意时，借她膊头靠一靠。他们的生活中没有绯闻、没有潜规则，而是简单的婚姻生活。
两人一动一静，是别人眼中的天作之合。吴君如承认，懒惰又急躁的她，被爱思考及温文的陈可辛改变了很多；陈可辛也说，是爱大笑及乐观的君如把他带到了人生另一个阶段，让飘泊成长的他，有了一个安稳快乐的家。
