吴尊带女儿Neinei的真人秀播出后，也在网络上引起争议，认为他对女儿太过溺爱了，但吴尊坦然面对，“我就是这样一个爸爸。你们在电视看到的只是我很疼爱他们，但是在疼爱的过程中，我也会教导他们懂得一些道理。”吴尊表示，工作太忙常常常不在文莱，“回去的时候就不敢对女儿太严厉，我怕只有那么一点点相处时间，还对她那么凶，她就不喜欢我了。”因为这些小歉疚，他常对女儿妥协，例如，他开车时，女儿不要坐安全椅，要坐他的身边，他就会没原则地答应，“看她可怜巴巴的小眼神，我就会心软。”
吴尊被赞为好老公、好爸爸，结婚后为了保护妻子一直瞒着隐婚多年，事后妻子怀孕为了女儿，更是在事业如日中天时不得不选择退出。据悉，林丽莹是吴尊交往18年的初恋女友。陪着吴尊陪他渡过母丧、澳洲留学、创业等重要的人生过程。谈及太太，吴尊也表示“是我最好的战友、朋友、爱人”。无论是从恋爱史还是对吴尊的生活起居及家庭的照顾，都让人敬佩不已。
